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我校生命科學學院駱觀正教授團隊提出一種用于鑒定微量樣品m6A的高效便捷建庫測序技術

稿件來源:生命科學學院 發布日期:2021-09-08 閱讀量:

我校生命科學學院駱觀正教授團隊提出一種用于鑒定微量樣品m6A的高效便捷建庫測序技術,鑒定到數千個高重復性m6A位點,為促進m6A功能研究提供方法學創新。

N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine, m6A) 是真核生物mRNA中含量最豐富的堿基修飾類型,動態調控mRNA的剪接、定位、降解等多種代謝通路,進而參與細胞分化、腫瘤發生、免疫反應等重要生理過程。甲基化RNA免疫共沉淀高通量測序(MeRIP-Seq 或m6A-Seq) 是目前應用最廣泛的m6A檢測技術,但該技術通常需要大量起始RNA樣品(>100μg總RNA),難以應用于微量樣品的m6A檢測,限制了其在臨床稀缺樣品和早期胚胎發育等場景中開展m6A研究。因此,該領域急需一種適用于低起始RNA量、簡單快捷的m6A高通量測序技術。

該研究提出一種m6A高通量測序新技術:tMeRIP-Seq。該技術通過多聚胸腺嘧啶引物特異性地反轉錄含有PolyA尾的mRNA,利用Tn5轉座酶切割RNA/DNA雜合鏈的特性,將mRNA/DNA雜合鏈片段化同時加上測序接頭,極大地降低樣品初始投入量并簡化實驗操作。基于這一策略,該研究以低至60ng總RNA為起始模板,鑒定到數千個可重復m6A位點,這些位點特異地富集于基因3′末端附近,并且有典型的RRACH基序。之后研究者應用該技術從一滴血中鑒定了m6A圖譜,發現多個血液疾病相關基因可能受m6A調控。基于類似原理,tMeRIP-Seq技術未來還可能拓展到其它RNA修飾研究中。

tMeRIP-Seq技術原理圖:通過Tn5預先加接頭的RNA片段經過常規免疫共沉淀后,直接PCR即可獲得測序文庫。

近日,該研究成果“Establishment of Transposase-assisted Low-input m6A Sequencing Technique ”發表在期刊Journal of Genetics and Genomics上。我校生命科學學院博士后陳濤和博士研究生李言為該論文共同第一作者,駱觀正教授為通訊作者。相關工作得到重點研發計劃、國家自然科學基金、廣東省自然科學基金和中國博士后科學基金等項目資助。

論文鏈接:https://doi.org/10.1016/j.jgg.2021.08.007

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