中大新聞網(wǎng)訊（通訊員蔡黎）中山大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院RNA組學(xué)團(tuán)隊(duì)楊建華教授等開(kāi)發(fā)了Pol3Base數(shù)據(jù)和信息庫(kù)，系統(tǒng)鑒定RNA聚合酶III（PolⅢ）轉(zhuǎn)錄的非編碼RNA(P3RNA)，全面解析P3RNA的互作組、表達(dá)、進(jìn)化、表觀轉(zhuǎn)錄組、疾病變異及調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。

Pol3Base網(wǎng)站大綱。Pol3Base 網(wǎng)站整合了由不同轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控的數(shù)千個(gè) RNA 聚合酶 III 轉(zhuǎn)錄的 ncRNAs 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。Pol3Base 的所有結(jié)果都存儲(chǔ)在MySQL數(shù)據(jù)庫(kù)，并通過(guò)網(wǎng)頁(yè)展示。

RNA組學(xué)團(tuán)隊(duì)率先開(kāi)發(fā)一系列分析流程去發(fā)掘～79000個(gè)PolⅢ轉(zhuǎn)錄的非編碼RNA(P3RNA)與轉(zhuǎn)錄因子的互作組以及這些P3RNA與240多種RNA結(jié)合蛋白之間的相互作用網(wǎng)絡(luò);揭示了70個(gè)正常組織和28種不同腫瘤類型中P3RNA的表達(dá)譜及9700個(gè)表觀RNA修飾位點(diǎn)。此外，通過(guò)比較人類和小鼠，發(fā)現(xiàn)了大約4000個(gè)進(jìn)化保守的P3RNA；在32個(gè)不同的腫瘤組織中鑒定了上萬(wàn)種 tsRNA。通過(guò)分析體細(xì)胞突變數(shù)據(jù)，Pol3Base還提供研究了這些ncRNA的突變圖譜，以幫助揭示它們?cè)诙喾N疾病中的潛在作用。Pol3Base 的訪問(wèn)網(wǎng)址：http://rna.sysu.edu.cn/pol3base/ 或者h(yuǎn)ttp:// biomed.nscc-gz.cn/DB/Pol3Base/。

該研究近日在Nucleic Acids Res雜志上在線發(fā)表，楊建華教授、屈良鵠教授、李斌副特聘研究員和鄭凌伶副教授為論文的共同通訊作者。蔡黎、宣佳佳博士生為共同第一作者。

近年來(lái)，該團(tuán)隊(duì)建立了國(guó)際先進(jìn)的RNA組學(xué)平臺(tái)：基于非編碼RNA與其靶標(biāo)及非編碼RNA與蛋白的互作規(guī)律構(gòu)建了新的罰分矩陣模型，開(kāi)發(fā)了starBase2.0、snoSeeker、RMBase、tsRFun等新一代功能RNA組學(xué)技術(shù)及在線分析平臺(tái)。這些技術(shù)在海量的CLIP-seq等測(cè)序數(shù)據(jù)中高精度地發(fā)掘出成千上萬(wàn)的非編碼RNA與靶標(biāo)、非編碼RNA與蛋白之間的功能互作及網(wǎng)絡(luò)。與國(guó)際類似方法比較，這些方法顯著地降低了非編碼RNA功能互作網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè)的假陽(yáng)性率。研究成果在Nucleic Acids Res等發(fā)表系列論文11篇，starBase 2.0 還入選“2014年中國(guó)百篇最具影響國(guó)際學(xué)術(shù)論文”，現(xiàn)已被Nature、Cell等雜志他引超過(guò)2000次。采用這些技術(shù)，該團(tuán)隊(duì)與國(guó)際同行合作解析mRNA中m6A修飾生成機(jī)制和新的m6A修飾讀碼器等突破性成果已發(fā)表在Nature（2019）和Nature Cell Biology（2018）等國(guó)際重要雜志上。

論文鏈接：https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkab1033/6423189